科研团队
生物分子物理与模拟研究团队

团队简介

细胞是由大量的生物大分子(蛋白质、核酸和糖分子)以及小分子相互作用形成的分子网络。研究这些分子以及它们形成的网络的结构与动力学,是理解细胞活动规律的基础。本研究组致力于用计算机模拟方法研究生物分子的结构、动力学、相互作用以及网络,建立理论模型,揭示基本规律。

 

最新进展及要闻

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团队成员

肖奕教授 (PI)

黄延昭副教授

刘士勇副教授

陈长军副教授

讲座教授

   段勇教授 (长江讲座)    曾辰教授 (楚天讲座)

研究小组

生物分子结构与动力学研究小组

陈长军 龚洲 赵蕴杰 王二成 满建芬 王艳杰 刘鹏宇 涂志萍

生物分子相互作用研究小组

刘士勇 黄延昭 周睿 郭大川 黄阳玉 王军 纪晓峰 李昊田 阳秀凤 程洪礼

 

科研项目

 

 

在研项目:

1. 国家自然科学青年基金 RNA-蛋白质结合机制与复合物结构预测研究 刘士勇 25万 2012-01至2014-12

2. 国家高技术研究发展计划(863计划) 非编码RNA结构预测和RNA-蛋白质复合物结构预测 肖奕,刘士勇 170万 2012-01至2016-12

3. 国家自然科学基金面上项目 蛋白质分子对接的远程识别机制研究 黄延昭 58万 2012-01至2015-12

4. 国家自然科学基金面上项目 生物分子构象自由能变化研究 陈长军 20万 2009-01至2011-12.

5. 国家自然科学基金面上项目 对称蛋白质折叠物理机制的非常规分子动力学研究 肖奕 35万 2011-01至2013-12.

6. 国家自然科学基金面上项目 非编码RNA折叠问题的分子动力学模拟研究 肖奕 30万 2010-01至2012-12.

 

 

科研成果
  • 2011年度
  • 2010年度
 

1. Liu S, Vakser I (2011) Distance and environment-dependent, coarse-grained, knowledge-based potentials for protein-protein docking. BMC Bioinformatics 12:280.

2. Li L, Guo D, Huang Y, Liu S, Xiao Y (2011) ASPDock: protein-protein docking algorithm using atomic solvation parameters model. BMC Bioinformatics 12:36.   

3. Gong Z, Zhao Y, Chen C, Xiao Y (2011) Role of Ligand Binding in Structural Organization of Add A-riboswitch Aptamer: A Molecular Dynamics Simulation. . J Biomol Struct Dyn 29: 403-416.

4. Zhao Y, Gong Z, Xiao Y (2011) Improvements of the hierarchical approach for predicting RNA tertiary structure. J Biomol Struct Dyn 28: 815-826.

5. Zhou R, He Y, Xiao Y (2011) Multi-nucleation and vectorial folding pathways of large helix protein. Comput Biol Chem 35: 169-173.

6. Feng J (2011) High Speed Progressive Digital-Reversal Algorithm. IEEE Signal Processing Letters 18: 119-121.

 

1. Feng J, M Li, YZ Huang and Y Xiao (2010) Symmetric key structural residues in symmetric proteins with beta-trefoil fold. PLoS One 5: e14138.

2. Wang G, C. Du, Chen, H., Simha, R., Rong, Y., Xiao and C. Zeng (2010) Process-based network decomposition reveals backbone motif structure. PNAS 107(23): 10478-83.

3. Gong Z, Zhao Y, Xiao Y (2010) RNA stability under different combinations of amber force fields and solvation models. J Biomol Struct Dyn 28: 431-441.

4. Chen C and Xiao Y (2010). Accurate free energy calculation along optimized paths. J. Comput. Chem 31:1368-1375.

5. Jiang X, Chen C, Xiao Y(2010) Improvements of network approach for analysis of the folding free-energy surface of peptides and proteins. J Comput Chem 31: 2502-2509.

 
优秀毕业生
 

 

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